请假申请选择年假后，不占用人事档案中的年休假可从以下方面排查：

1.人力资源-考勤设置-年假设置中未设置年假休息时间，年假休息时间为空时会导致请假申请年假后，不占用人事档案中的年休假。

2.在数据库sys_para表中检查ANNUAL_END_TIME参数是否缺少参数值。

可以使用sql语句进行查询：SELECT * FROM `sys_para` WHERE `PARA_NAME` LIKE 'ANNUAL_END_TIME';将“ANNUAL_END_TIME ”对应的“PARA_VALUE”值中填写“ -12-30 23:59:59 ”即可。